Pendirian Balai Pengkajian Bioteknologi (BPB) Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) diawali dengan pembangunan prasarana dan sarana fisik yang dilaksanakan pada tahun 1992-1994. Operasional BPB BPPT diresmikan oleh Presiden Soeharto, pada tanggal 29 Desember 1995 dan selanjutnya diresmikan oleh Wakil Presiden Megawati Soekarnoputri sebagai Balai Pengkajian Bioteknologi, berdasarkan Keputusan Kepala BPPT pada tanggal 4 April 2001, Nomor 024/KP/KA/IV/2001.

Balai Pengkajian Bioteknologi, Deputi Bidang Teknologi Agro Industri dan Bioteknologi (TAB) BPPT merupakan salah satu pusat keunggulan pengembangan bioteknolggi industri nasional, diharapkan memiliki peranan penting untuk mendorong pertumbuhan industri yang memanfaatkan bioteknologi serta penerapan bioteknologi tepat guna bagi pemecahan permasalahan nasional.

Tugas Pokok:

1. Penguasaan biotek industri dan pertanian modern di Indonesia untuk mendorong pengembangan bioteknologi.
2. Mengembangkan jaringan kerja di bidang bioteknologi dengan lembaga riset bioteknologi lain di dalam dan di luar negeri untuk mendorong aplikasi bioteknologi dalam berbagai bidang pembangunan.
3. Pelatihan bioteknologi modern di bidang bioteknologi industri dan pertanian.

Fungsi :

1. Mengkaji, menerapkan dan mengupayakan alih teknologi bidang bioteknologi industri dan pertanian yang sesuai dengan kepentingan nasional.
2. Mengkaji dan menerapkan bioteknologi, baik yang konvensional maupun yang maju untuk menghasilkan produk yang mempunyai nilai ekonomi tinggi.
3. Mengkaji dan menenrapkan teknologi rekayasa genetika untuk meningkatkan produktivitas bioindustri  dan kualitas tanaman.
4. Menyelenggarakan pendidikan dan latihan tenaga ahli.

Pada tanggal 19 Oktober 2015 Balai Pengkajian Bioteknologi resmi berganti nama menjadi Balai Bioteknologi, berdasarkan Peraturan Kepala BPPT No 019 Tahun 2015 guna meningkatkan efektifitas dan efisiensi pelaksanaan tugas dan fungsi. Balai Bioteknologi mempunyai tugas melaksanakan kegiatan pelayanan bioteknologi.

Fungsi Balai Bioteknologi :

1. Perencanaan, pelaksanaan, pengkoordinasian, monitoring dan evaluasi kegiatan teknis operational  dan atau teknis penunjang dalam penerapan dan layanan bioteknologi;
2. Perencanaan, pelaksanaaan, pengkoordinasian dan pemasyarakatan di dalam pengembangan produk dan layanan bioteknologi 
3. Pelaksanaan urusan kehumasan, kepegawaian, keuangan, kesekretariatan, rumah tangga, dan pengelolaan sarana teknis.